北海道システム・サイエンス株式会社

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バクテリア薬剤耐性遺伝子検索


こんな目的に

〇 生菌剤の登録申請に必要な情報として
〇 病原菌の調査事業の一環として

〇 バクテリアの特性を示すデータとして
主に3種類の薬剤耐性遺伝子データベース(NCBI、ARG-ANNOT、ResFinder)を参照した相同配列検索を行います。これらのデータベースは、欧州食品安全機関のガイドラインで紹介されているものであり(文献1)、現在報告されている網羅的な薬剤耐性遺伝子に対する検索結果が得られます。

文献1)EFSA Panel on Additives and Products or Substances used in Animal Feed (FEEDAP), et al. "Guidance on the characterisation                 of microorganisms used as feed additives or as production organisms." EFSA Journal 16.3 (2018): e05206.
アミカシン セフォキシチン  フルオロキノロン ミノサイクリン リファンピシン チオストレプトン
アミノグリコシド セフタジジム ホスホマイシン ムピロシン リファマイシン チカルシリン
アモキシシリン セフトリアキソン フシジン酸 ナリジクス酸 スペクチノマイシン チゲサイクリン
アンピシリン セファロスポリン ゲンタマイシン ニトロイミダゾール スピラマイシン トブラマイシン
アビラマイシン セファロチン ハイグロマイシン オレアンドマイシン ストレプトグラミン トリメトプリム
アジスロマイシン クロラムフェニコール イミペネム オキサゾリジノン ストレプトマイシン タイロシン
アズトレオナム シプロフロキサシン カナマイシン ペニシリン ストレプトトリシン バンコマイシン
β-ラクタム クリンダマイシン カスガマイシン フェニコール スルファメトキサゾール バイオマイシン
ブレオマイシン コリスチン リンコマイシン ピペラシリン スルホンアミド バージニアマイシン
カルバペネム ダルホプリスチン リンコサミド プレウロムチリン テイコプラニン ゾルバマイシン
カルボマイシン ドキシサイクリン リネゾリド プリスチナマイシンIA テリスロマイシン  
セフェピム エルタペネム マクロライド プリスチナマイシンIIA テモシリン  
セフィキシム エリスロマイシン メロペネム キノロン トラセノマイシン  
セフォタキシム フロルフェニコール メチシリン キヌプリスチン テトラサイクリン  

ご提供いただくもの

〇 既にゲノム配列が決定されている場合 ⇒ ゲノム配列データ(FASTA形式)

納品データ例

「菌種名」、「検体数」、「お手持ちのゲノム配列データを使用 or ゲノム配列決定からご依頼」についてお知らせください。

検出できる薬剤耐性一覧

使用データベース

- 次世代シーケンス オプションデータ解析 -

お問い合わせ

※ゲノム配列の構築からご希望される場合はぜひお問い合わせください。
公衆衛生および医療分野において、抗生物質に耐性を示す病原菌の蔓延は重大な問題です。病原菌のゲノム上にどのような薬剤耐性遺伝子が存在しているかを調べることは、薬剤耐性菌のモニタリングや、感染症治療法の選択において重要な情報となります。
 
また、プロバイオティクス分野において、飼料や食品に添加する生菌剤についても、薬剤耐性遺伝子の確認が求められるようになってきています。人や家畜の生体内に薬剤耐性遺伝子を有するバクテリアが蓄積することで、その遺伝子が病原菌へ伝播する恐れがあるためです。
 
本サービスでは、ご指定のバクテリアゲノムを対象として、さまざまな薬剤耐性遺伝子を検索します。有用菌・病原菌、いずれでもご利用いただけます。
position
strand
gene
identity(%)
resistance
chromosome1:38381-39151
ant(4')-Ia
99.87
KANAMYCIN/TOBRAMYCIN
chromosome1:39368-39772
bleO
100
BLEOMYCIN
chromosome1:44969-46975
mecA
100
METHICILLIN
chromosome1:47075-48049
mecR1
100
METHICILLIN
chromosome1:126289-127641
tet(38)
100
TETRACYCLINE
chromosome1:2479070-2479489
fosB-Saur
99.76
FOSFOMYCIN
 ご要望に応じたプランをご案内いたします。